DNA序列组装及基因注释
如何生成DNA序列和预测基因的功能
在本章中，你将了解不同测序策略，以及不同策略的优缺点，以帮助你为研究问题选择最佳的DNA测序策略。此后，我们将介绍与DNA序列数据组装相关的困境，以及该过程中需要的不同质量标准，包括如何进行基因组的封闭测序。本章节演示了用于表示DNA序列的简单FASTA格式，并引入了DNA序列的注释。
2.1DNA测序DNA测序是指测定生物体和病毒的部分或整个染色体的核苷酸的顺序。DNA测序可以对单个基因或全基因组或多个基因组进行，如宏基因组学。在科研项目中，第一个要做的决定是为研究问题选择最佳的DNA测序策略。在表2.1和表2.2中，我们总结了不同的技术以及它们可以用于什么，以及它们的标准。通常情况下，如果实验室没有自己的测序仪，就可以把测序外包给公司或机构，但这会导致更长的周转时间和更高的测序成本。因此，一些实验室现在正在致力于研究更小、更便宜的台式二代测序仪，以实现更经济高效的测序（图2.1）。
表2.1与内存和成本相关的DNA测序策略和方法的选择
研究问题测序策略读长（bp）占据内存成本（相对于占据的内存）单基因、BAC、FOS或质粒插入物的测序对PCR扩增子进行Sanger测序-低高基因组和16S宏基因组Illumina-00高低Iontorrent-高低单细胞测序单细胞分离、DNA提取、phi-29扩增子测序和Illumina测序-高高三代测序（单基因组封闭测序）PacBio（太平洋生物公司）10-00中高Nanopore000中高表2.2不同常用序列平台的比较
测序平台读长产生的数据量reads的数量运行时间准确率仪器费用（$）每Gb数据费用（$)IlluminaMiSeqv3bpbpPE13.2-15Gb44-50*10^7PE56小时99.9%IlluminaHiSeq2vbpPE-Gb*10^7PE60小时99.9%IonTorrentIonPGM318bpSE1-2Gb4-5.5*10^77.3小时98-99%-第二代PacBioRS接近20KbMb-1Gb504小时87%690Minion平均Kb5Gb接近1*10^7接近48小时88%-^:PE：双端测序；SE：单端测序。表格数据来自Goodwinetal.()以及